Merlins ir klaunzivs, kurš plēsēju uzbrukumā zaudējis visu savu ģimeni. Vienīgais, kas viņam atlicis, ir dēls Nemo. Merlins nebeidz brīdināt dēlu par to, cik okeāns ir bīstams, taču mazais nebēdnis vēlas iepazīt pasauli. Jau savā pirmajā skolas dienā viņš nav gana...
Pagājis pusgads kopš filmā "Meklējot Nemo" atainotajiem notikumiem. Nemo draudzene Dorija, kurai ir regulāri atmiņas traucējumi, negaidīti atceras savu bērnību un to, ka kādreiz ir bijusi šķirta no vecākiem. Nolēmusi atrast savu ģimeni, Dorija dodas piedzīvojumiem bagātā...
