Sena rase, kuru vada atriebes kārais Malekits, ir iecerējusi Visuma deviņās valstībās sēt mūžīgu tumsu. Bojāeja draud arī planētai Zeme. Ļaunumam, ko nespēj uzveikt pat Odins un Asgārdas karaspēks, pretī stājas varenais atriebējs Tors.
Filma stāsta par diviem pēc izskata vienādiem gangsteriem Redžiju un Roniju Krejiem, kas ir divi no visslavenākajiem noziedzniekiem Lielbritānijas vēsturē, kā arī viņu organizētās noziedzības impēriju Londonas Īstendā pagājušā gadsimta sešdesmitajos gados.
Bruņojušies ar augsto tehnoloģiju spiegošanas un militāro aprīkojumu, G.I.JOE vienības īpašie aģenti ir uz pēdām ieroču tirgotājam Destro un noslēpumainai organizācijai "Kobra", kuru kopīgs mērķis ir pakļaut pasauli totālam haosam.